賃貸併用住宅でも住宅ローン減税は適用されます。ただし適応範囲は建物全体ではなくオーナースペースにのみになります。
住宅ローンの総額中、建物全体の延床面積に対するオーナースペースの面積割合分だけが住宅ローン減税の対象となります。

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住宅ローン控除などの減税について