可能です。
賃貸併用住宅中古物件は、希望者に対して供給量が非常に少ないのが現状です。

その理由の一つとして、賃貸併用住宅は家賃収益があるので経済的事情で売却せざるを得なくなるケースが少ないからだと考えられます。しっかりした物件ならすぐに売れてしまうことが多いのです。
慌てずに待てるのなら、購入価格より高値で売却されることも珍しくありません。

ただし、あまりにも特殊な設計は売却しづらくなります。
もしも賃貸併用住宅の売却を視野にいれる場合は、オーナースペースをある程度の標準的な間取りで設計しておくことをお薦めします。